Ben normalement on aligne le bas moteur au haut moteur.
Si ton bas moteur est déja préparé et que les transferts ont été trop agrandis, bah c'est tant pis.
Le bas moteur est la pour ne pas brider le haut moteur ( entre autres), c'est pour ca qu'on aligne les transferts :
trop grand, ca engendre des pertes, trop petit ca bride totalement.
MAIS un cylindre, ca a été étudié, et je doute que l'on puisse s'amuser a augmenter la taille des transferts sans détruire tout un équilibre.
C'que j'te conseille : ne rien retoucher, et acheter d'autres carters plus tard quand t'auras envie d'avoir des perfs optimales.